Em 1549, o navegador português Tomé de Souza chegou em estas terras com 3 naus: Conceição, Salvador e Ajuda. Os primeiros jesuítas chegados na nau Ajuda, fundaram o Arraial.

O padre Francisco Pires, começou a construção de uma igreja, mais com grandes dificuldades, pois não tinha agua próxima. Mas as rezas do padre deram certo, e um som de agua jorrando surgiu nos pés da igreja. Se abriu a mais formosa fonte que agora há nesta terra. A fonte recebeu o nome de Nossa Senhora d'Ajuda. A igreja do mesmo nome foi terminada em 1551.

Várias outras lendas circulam entre os nativos e moradores, como a de que quem se banha na água da fonte sempre volta para o Arraial. A Igreja permanece como o mais antigo marco local e à sua volta foram surgindo as primeiras edificações onde os jesuítas repousavam após chegarem de suas missões.

N. Senhora d'Ajuda começou a ser adorada em Porto Seguro em 15 de agosto de 1556 e a história dos milagres da fonte foi espalhada, atraindo muita gente e assim os jesuítas abriam suas portas para hospedar gratuitamente os romeiros. Para juntar-se à estes, no final da década de setenta, vieram os primeiros hippies (na rota de Arembepe). Alguns se encantaram com o lugar e criaram raízes e outros europeus foram chegando, juntando sua cultura à este povo acolhedor.

As casas da Igreja, já não eram suficientes para abrigar os que chegavam e da franca hospitalidade do povo baiano surgiram as primeiras pousadas. Das primeiras hospedarias, muitas sem água encanada e à luz de velas, o Arraial d´Ajuda hoje tem uma grande oferta de hospedagem, gastronomia e lazer.